Der etwas überhängende, wuchtige viereckige Westturm der St. Wilhadi-Kirche prägt zusammen mit dem schlanken Turm von St. Cosmae die Stader Stadtsilhouette und wird im Volksmund „schiefer Turm von Stade“ genannt.
Die heutige dreischiffige gotische Hallenkirche stammt aus dem 14. Jahrhundert. Ältester Teil der St. Wilhadi-Kirche aber ist vermutlich der Westturm, der stilistisch auf das späte 13. Jahrhundert als Bauzeit hinweist.
Mehrfach wurde St. Wilhadi von Blitzschlägen und Bränden heimgesucht. Großen Schaden erlitt die Kirche beim Stader Stadtbrand von 1659. Das Langhaus der Kirche blieb erhalten, allerdings brannte das Innere der Kirche aus. Die neue Innenausstattung wurde einheitlich schlicht gehalten, der bis zum Gewölbe empor reichende, zweigeschossige Hauptaltar mit der zentralen Kreuzigungsgruppe und die Kanzel stammen aus Hamburger Werkstätten, sie wurden vom Hamburger Kaufmann Claus Wilkens gestiftet und 1660 gefertigt.
Kulturhistorisch bedeutend ist die große Orgel, die in den Jahren 1731-36 von Erasmus Bielfeldt erbaut wurde.
Das Kircheninnere wurde 1958-60 und 1991 und zuletzt 2017 restauriert.
Seit 2019 verfügt die Kirche über eine französisch-romantische Chororgel erbaut von Jens Steinhoff, die nun das gemeinsames Musizieren mit anderen Instrumente ermöglicht. Auch kann jetzt Orgelmusik des 19.Jahrhunderts und jünger in der Kirche erklingen.
